Kamuoyunda 4+4+4 kademeli eğitim yasası olarak bilinen 30 Mart 2012 tarihli 6287 sayılı "İlköğretim ve Eğitim Kanunu ile Bazı Kanunlarda Değişiklik Yapılmasına Dair Kanun"la birlikte açılan Çarşamba İmam Hatip Ortaokulu;

2012-2013 Eğitim - Öğretim yılında 5. sınıflardan oluşan 8 şube ile ilçemiz Değirmenbaşı Ortaokulu'nun binasında kurulmuştur.

2013 – 2014 Eğitim - Öğretim yılında ilçemiz Mehmet Akif Ersoy İlkokulu binasına taşınarak 5. ve 6. sınıflardan oluşan 22 şube ile eğitimine devam etmiştir.

2014-2015 Eğitim - Öğretim yılında Çarşamba Anadolu İmam Hatip Lisesi binasında 6 şube ve Mehmet Akif Ersoy İlkokulu binasında 22 şube olmak üzere 5.6. ve 7. sınıflardan oluşan toplam 28 şube ile eğitimine devam etmiştir.

2015-2016 Eğitim - Öğretim yılında 5. 6. 7. ve 8. sınıflardan oluşan toplam 41 şube ile Mehmet Akif Ersoy İlkokulu binasında ikili öğretim yaparak eğitimine devam etmiştir.

2016-2017 Eğitim - Öğretim yılında aynı yıl açılan Ali Fuat Başgil İmam Hatip Ortaokuluna 5. ve 6. sınıflardan 10 şube nakil göndererek 30 şube ile Mehmet Akif Ersoy İlkokulu binasında tekli eöğretime geçerek eğitimini sürdürmüştür.

2017-2018 Eğitim Öğretim yılından itibaren kendine ait yeni binasına taşınarak 30 şube ile tam gün eğitimini sürdürmektedir.

Okulumuzun yeni binasında 30 derslik, Kapalı Spor Salonu, Açık Basketbol Sahası, Müzik Dersliği, Görsel Sanatlar Dersliği, Teknoloji Tasarım Dersliği, Kütüphane, 2 Adet Fen Bilimleri Laboratuvarı, 2 Adet Mescit,  Yemekhane, Konferans Salonu ve Çok Amaçlı Salon bulunmaktadır.